細菌は環状二本鎖DNAと細胞壁(マイコプラズマは除く)を有する微生物である。大半の細菌は細胞外で生息する。一部の細菌(例,チフス菌[ Salmonella typhi],淋菌[ Neisseria gonorrhoeae], Legionella属,Mycobacteria属, Rickettsia属, Chlamydia属,およびChlamydophila属)は,選択的に細胞内に寄生して複製する。クラミジアやChlamydophila属,リケッチアなどの一部の細菌は,偏性細胞内寄生病原体である(すなわち,宿主細胞内でのみ増殖でき,疾患を引き起こすことができる)。その他(例,チフス菌[Salmonella typhi], Brucella属,野兎病菌[ Francisella tularensis],淋菌[N. gonorrhoeae],髄膜炎菌[ Neisseria meningitidis],Legionella属, Listeria属,結核菌[ Mycobacterium tuberculosis])は通性細胞内病原体である。