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脂肪肝、肝硬変、原発性胆汁性肝硬変、原発性硬化性胆管炎、アルファ1‐アンチトリプシン欠損症は、いずれも肝臓の障害が原因で生じる病気です。肝臓の障害は毒性物質、たとえばアルコールや薬、食物中の不純物、血液中に通常含まれる物質の異常な蓄積などが原因で起こります。また感染症や、免疫システムが自分の組織を攻撃する病気（自己免疫反応(自己免疫疾患を参照)）が原因の場合もあります。障害の原因がはっきりしない場合もあります。